Fasilitas

Musholla Al Ikhlas
Pembelajaran di SD Negeri Warungboto Yogyakarta selalu menyeimbangkan tiga ranah pendidikan yaitu, kognisi, afeksi, dan psikomotor. Guna pembelajaran afeksi terutama penanaman keimanan dan ketaqwaan kepada para siswa maka SD Negeri Warungboto Yogyakarta dilengkapi dengan sebuah musholla.

Ruang Kelas 
Ruang kelas yang nyaman menambah semangat siswa-siswi dalam mengikuti proses belajar mengajar.

Ruang Rapat/Kegiatan
Ruang yang representatif untuk kegiatan rapat, seminar dan alternatif ruang belajar siswa. Sangat nyaman dengan ruangan yang dilengkapi dengan LCD proyektor 
 

Lab. Komputer & Multimedia
Di era serba teknologi ini, sangat penting untuk anak-anak bisa belajar komputer. Pembelajaran ini sebagai bekal yang bermanfaat bagi siswa kelak di masa depannya.

Perpustakaan
Perpustakaan SD Negeri Warungboto Yogyakarta sangat nyaman dan lengkap dalam hal buku bacaannya. buku pelajaran ataupun buku cerita tersedia disini. dengan ruangan yang nyaman, para siswa sangat menikmati membaca berbagai buku di perpustakaan ini.

Unit Kesehatan Sekolah
Merupakan tempat untuk memberikan bantuan pengobatan bagi murid ataupun karyawan yang sedang tidak enak badan. UKS SD Negeri Warungboto Yogyakarta ini memberikan pelayanan yang sangat membantu mereka yang membutuhkan pertolongan pertama.